ดอก เป็นดอกสมบูรณ์เพศ คือมีเกสรเพศผู้และเกสร เพศเมียอยู่ในดอกเดียวกัน และเป็นดอกสมบูรณ์ คือ มีส่วนประกอบครบทั้ง 4 ส่วน ได้แก่ กลีบเลี้ยง กลีบ ดอก เกสรเพศผู้และเกสรเพศเมีย
ลําต้น ผักเสี้ยนผีเป็นไม้ล้มลุก ลําต้นตั้งตรงเหนือดิน มีกิ่งแตก ออกจากลําต้นทุกทิศทาง ข้อและปล้องเห็นไม่ชัดเจน ลําต้นที่ มีอายุน้อยจะมีสีเขียว ลําต้นที่มีอายุมาก จะมีสีน้ําตาลปนม่วง ผิวของลําต้นไม่เรียบ มีรอยนูนเป็นเส้นตามความยาวของลําต้น มีขนอ่อน สีขาวนวลปกคลุมที่ผิวลําต้น มีกลิ่นเหม็น รสขม ภายในลําต้นมีน้ํายางใสและเหนียว
ผล ผักเสี้ยนผีเป็นผลเดี่ยวชนิดผลแห้ง ผลมีลักษณะเป็นฝัก กลมยาว ปลายแหลม มีจะงอยที่ปลายผล ผิวหยาบ ผลสด สีเขียว ผลแก่ที่แห้ง แล้วสีน้ําตาล มีขนสีขาวนวลปกคลุมทั่วทั้งผล
ใบ ใบผักเสี้ยน เป็นใบประกอบแบบขนนก เรียงสลับ ใบย่อย 3 – 7 ใบ แต่ส่วนใหญ่ มีใบย่อย 3 – 5 ใบ รูปไข่ ปลายแหลม โคนสอบคล้ายรูปลิ่ม “ขอบใบหยักเล็กน้อย เส้นใบสานเป็นร่างแห จัดเป็นพืชใบเลี้ยงคู่ ด้านหลังใบจะมีสีเขียวเข้มกว่าด้านท้องใบ มีขนอ่อนสีขาวนวลปกคลุมอยู่ทั่ว
ราก ผักเสี้ยนผีเป็นพืชที่มีระบบรากแก้ว ประกอบด้วยรากแรกเริ่ม ซึ่งอกออกจาก เมล็ดและหยั่งลงสู่ดิน มีขนาดใหญ่กว่ารากอื่นๆ เรียกว่ารากแก้ว มีรากแขนงแตก ออกจากรากแก้ว มีขนาดเล็กกว่ารากแก้ว โดยรากแขนงจะแตกออกจากรากแก้ว ในลักษณะแผ่กระจายออกไปรอบๆ รากแก้ว มีทิศทางเอียงลงสู่ดิน และรากแขนง ยังแตกแขนงออกไปอีกเป็นทอดๆ รากผักเสี้ยนผีมีสีขาวขุ่น แต่รากที่มีอายุมากขึ้น จะเปลี่ยนเป็นสีน้ําตาลอ่อน มีกลิ่นฉุน รสเผื่อน